В игре «Object Ninja» есть три уровня сложности: Лёгкий — самый простой режим, подходящий для новых игроков; Нормальный — средний по сложности режим; Сложный — самый трудный режим с большим количеством предметов и бомб.
Кроме того, предметы могут сталкиваться между собой, что создаёт дополнительные трудности.